Pangeran Purbaya terlibat dalam konflik dengan keponakannya yang merupakan Raja Mataram. Pada saat itu, penguasa Mataram baru saja menginstruksikan pembunuhan besar-besaran terhadap ulama dan keluarganya.

Purbaya khawatir bahwa tindakan keponakannya ini dapat membawa bencana bagi Kesultanan Mataram. Pangeran Purbaya pun memutuskan untuk tidak menghadap ke istana tanpa memberi tahu sultan.

Kekhawatirannya dianggap oleh Sultan Amangkurat I sebagai tanda pemberontakan. Oleh karena itu, sultan Mataram ini diam-diam memperkuat posisinya, karena banyak kerabatnya—sekitar 50 orang—serta pendukungnya yang memiliki kekuasaan.

Putra Pangeran Purbaya, yakni Raden Mas, yang juga merupakan orang kepercayaan raja, merasa was-was dengan tindakan ayahnya. Menurut catatan dalam “Disintegrasi Mataram: Di bawah Mangkurat I” oleh H.J. De Graaf, Sunan tentunya tidak senang dengan situasi tersebut.

Ia khawatir akan terjadinya kerusuhan. Oleh karena itu, ia mengirim Raden Mas kembali kepada ayahnya dengan pesan bahwa Pangeran Purbaya memiliki alasan untuk tidak hadir di Istana karena dalam melakukan pembunuhan besar-besaran ini, Tegalwangi tidak berkonsultasi terlebih dahulu dengan Purbaya.

Sultan Amangkurat I berencana mengunjunginya keesokan harinya untuk menyampaikan permohonan maaf dan memerintahkan putranya untuk tetap bersama ayahnya agar dapat membantu menyambut tamu. Namun, Raden Mas menolak, karena ia merasa dirinya adalah abdi Sultan Amangkurat I, bukan ayahnya. Hidupnya berada di tangan Sunan.

Raja memerintahkan agar ia tetap patuh, jika tidak ingin terkena amarah Raja. Ia kemudian menarik semua pengikutnya dan menyuruh mereka mendatangi ayahnya, Purbaya, dengan kekuatan lebih dari 200.000 orang serta seluruh sekutunya.

Purbaya tetap teguh untuk tidak menghadap ke istana. Selanjutnya, ia mengirim putranya kembali kepada Sunan untuk menyatakan rasa terima kasih atas penghormatan yang dianggap tidak layak diterimanya. Ia, Raden Mas, harus tetap setia kepada Raja, karena Purbaya tahu cara menerima atasannya dengan cara yang benar.